Em localização estratégica, São Sebastião do Caí foi importante ponto comercial entre a Serra e Porto Alegre. O porto no Rio Caí ficava agitado com passageiros e transporte de mercadorias. Emancipado de São Leopoldo em 1875, a origem do município está no Porto dos Guimarães.
As famílias luso-brasileiras ocuparam as margens do rio a partir do final do século 18. José Antônio Guimarães e familiares ficaram na área onde nasceu a cidade. O sobrenome virou o nome da localidade.
Depois da Revolução Farroupilha, imigrantes alemães começam a chegar ao Vale do Caí. Em 1875, o porto também virou ponto de passagem dos imigrantes italianos, que desciam dos barcos vindos de Porto Alegre e seguiam em mulas rumo à Serra.
Os indígenas batizaram o Rio "Caahy", que significa Rio da Mata. No novo livro História de São Sebastião do Caí: o antigo Porto dos Guimarães (ZMulti Editora), os pesquisadores Felipe Kuhn Braun e Sandro Blume resgatam o passado da próspera cidade, que tinha território maior antes das emancipações. São Sebastião do Caí é a origem de municípios como Portão, Caxias do Sul, Feliz, Bom Princípio e Nova Petrópolis.
Na segunda metade do século 19 e início do século 20, grandes empresas nasceram em São Sebastião do Caí. Negócios nas áreas de comércio, navegação e indústria. Entre os sobrenomes de destaque estavam Trein, Oderich, Ritter, Michaelsen, Mentz e Renner.
Quando moradores discutiam qual seria o padroeiro da sede da paróquia, o bispo Dom Sebastião Dias Laranjeira precisou intervir e escolheu São Sebastião. O padroeiro e o rio dariam nome ao futuro município.
A igreja matriz ficou pronta em 1879, quatro anos depois da emancipação da Vila de São Sebastião do Caí. A ferrovia para ligar Porto Alegre a Caxias do Sul, passando por Montenegro, reduziu o movimento no porto e a relevância econômica da cidade no século 20.
Na beira do rio, onde nasceu e prosperou, São Sebastião do Caí convive com as frequentes enchentes.
