Em seu primeiro ato como presidente interino, em 12 de maio de 2016, Michel Temer oficializou sua reforma ministerial em uma edição extra do Diário Oficial da União. Com a medida, ele cortou nove ministérios, exonerou os ministros e chegou a 23 pastas. Vinte e um meses depois, no entanto, com o anúncio da criação do Ministério Extraordinário da Segurança, o presidente soma 29 ministérios, somente três a menos do que os 32 mantidos por Dilma Rousseff quando ela foi afastada da presidência.
A primeira medida de Temer provocou polêmicas, como a extinção do Ministério da Cultura. O presidente também extinguiu a Secretaria de Portos, a Secretaria de Comunicação Social e a Casa Militar da Presidência da República; além dos ministérios das Comunicações, do Desenvolvimento Agrário e das Mulheres, da Igualdade Racial e dos Direitos Humanos. Na mesma publicação criou o Ministério da Transparência, Fiscalização e Controle e o Gabinete de Segurança Institucional da Presidência da República. A polêmica fez Temer voltar atrás poucos dias depois dos cortes e recriar o Ministério da Cultura.
Em fevereiro de 2017, também foram recriados dois ministérios, o do Direitos Humanos e a Secretaria Geral.
No cargo de ministro da Defesa, Raul Jungmann assumirá o novo ministério da Segurança, que ficará responsável por órgãos como a Polícia Federal e a Polícia Rodoviária Federal, hoje vinculadas ao Ministério da Justiça.
O Ministério da Defesa, que comanda as Forças Armadas, deverá ficar sob o comando do general de Exército Joaquim Silva e Luna, que hoje é secretário-geral da pasta.
Os ministérios:
Casa Civil da Presidência da República - Eliseu Padilha
Justiça - Torquato Jardim
Defesa - Joaquim Silva e Luna deve assumir a pasta
Fazenda - Henrique Meirelles
Transportes, Portos e Aviação Civil - Maurício Quintella
Agricultura, Pecuária e Abastecimento - Blairo Maggi
Educação - Mendonça Filho
Cultura - Sérgio Sá Leitão
Trabalho - Helton Yomura (interino)
Desenvolvimento Social - Osmar Terra
Saúde - Ricardo Barros
Indústria, Comércio Exterior e Serviços - Marcos Jorge de Lima (interino)
Minas e Energia - Fernando Coelho Filho
Planejamento, Desenvolvimento e Gestão - Dyogo Oliveira
Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Gilberto Kassab
Meio Ambiente - Sarney Filho
Esporte - Leonardo Picciani
Turismo - Marx Beltrão
Relações Exteriores - Aloysio Nunes
Integração Nacional - Helder Barbalho
Cidades - Alexandre Baldy
Transparência e Controladoria-Geral da União - Wagner Rosário (interino)
Direitos Humanos - Gustavo do Vale Rocha (interino)
Secretaria-Geral da Presidência da República - Wellington Moreira Franco
Secretaria de Governo da Presidência da República - Carlos Marun
Gabinete de Segurança Institucional - Sergio Etchegoyen
Advocacia-Geral da União - Grace Maria Mendonça
Banco Central do Brasil - Ilan Goldfajn
