Marquinhos Santos retornou ao Juventude para a temporada 2021. Neste ano, a equipe alviverde estará de volta à Série A do Campeonato Brasileiro, após 13 temporadas. Para contratar o novo comandante, a direção definiu que o perfil do profissional deveria ter experiência na principal divisão do futebol nacional. Desde que assumiu o primeiro trabalho como técnico, em 2012, Marquinhos já trabalhou sete vezes na elite.
O primeiro na Série A do Brasileirão foi justamente em 2012, quando assumiu o Coritiba no lugar de Marcelo Oliveira durante a competição e escapou do rebaixamento. No ano seguinte, chegou a liderar o Brasileirão por algumas rodadas com o Coxa. O último trabalho na Série A foi na Chapecoense, em 2019, quando foi contratado para evitar a queda para a Série B, mas não conseguiu.
Dos sete trabalhos realizados por Marquinhos Santos na Série A, em três oportunidades ele iniciou a competição como técnico: Coritiba, em 2013, Bahia, em 2014, e Coritiba, novamente, em 2015. Na outras vezes, chegou durante o campeonato com a missão de livrar o time do rebaixamento.
Entre 2012 e 2019, Marquinhos Santos disputou 106 jogos no comando de equipes que estavam na Série A do Brasileiro. Foram 33 vitórias, 28 empates e 45 derrotas. 109 gols marcados e 127 sofridos. O aproveitamento é de 39,93%.
2012 e 2013 - Coritiba
A trajetória de Marquinhos Santos como treinador começou no Coritiba, em setembro de 2012. Ele era auxiliar de Marcelo Oliveira, e assumiu o cargo após a saída do técnico. No Coxa, ajudou o time a fugir do rebaixamento no Campeonato Brasileiro daquele ano e a equipe terminou o campeonato na 13ª colocação com 48 pontos. Sob o comando de Marquinhos, o time fez 16 jogos, com oito vitórias, dois empates e seis derrotas. 21 gols marcados e 18 sofridos. Aproveitamento de 54,1%.
Em 2013, o Coritiba teve um bom começo na Série A e chegou a assumir a liderança por algumas rodadas e ficar entre os quatro melhores. No entanto, a equipe sofreu uma queda brusca de resultados. O time caiu para 12ª posição. Marquinhos pediu demissão após a eliminação na Copa Sul-Americana para o Itagüi, da Colômbia. Neste ano, em 23 jogos na Série A, foram sete vitórias, 10 empates e seis derrotas. 28 gols marcados e 28 sofridos. Aproveitamento de 44,9%.
2014 - Bahia
Marquinhos chegou ao Bahia em dezembro de 2013. Foi campeão baiano e escolhido o melhor técnico do estadual. No entanto, deixou o cargo em julho de 2014. A equipe estava na 17ª colocação do Campeonato Brasileiro, com apenas nove pontos, na zona de rebaixamento. Em 12 jogos, foram duas vitórias, três empates e sete derrotas, com oito gols marcados e 14 sofridos. 25% de aproveitamento.
2014 e 2015 - Coritiba
Marquinhos retornou ao Coritiba em agosto de 2014 e livrou a equipe do rebaixamento para a Série B. Em 21 jogos, foram nove vitórias, cinco empates e sete derrotas. 28 gols marcados e 27 sofridos. O Coxa acabou na 14ª colocação com 47 pontos. Ele teve 50,8% de aproveitamento.
Em 2015, o treinador perdeu o título estadual para o Operário-PR e foi demitido em junho, após quatro derrotas seguidas na Série A. Foram seis jogos na elite do futebol nacional, sendo uma vitória e cinco derrotas. Quatro gols marcados e nove sofridos. 16,6% de aproveitamento.
2016 - Figueirense
Marquinhos Santos foi o quinto treinador a comandar o Figueirense em 2016. Ele chegou em setembro de 2016, contratado com o objetivo de escapar da zona da degola, mas não conseguiu. Foram nove jogos, sendo duas vitórias, dois empates e cinco derrotas. Seis gols marcados e 11 sofridos. 29,6% de aproveitamento.
Mesmo com o rebaixamento, a diretoria decidiu continuar com o treinador no cargo para a temporada seguinte. No entanto, após a derrota do Figueirense para o Rio Branco, pela primeira fase da Copa do Brasil, foi demitido em fevereiro.
2019 - Chapecoense
Marquinhos Santos assumiu a Chapecoense em setembro de 2019 com a missão de salvar o o time catarinense de um inédito rebaixamento. Com 14 pontos somados, o clube virou o turno na vice-lanterna. O treinador assumiu na 20ª rodada e, portanto, teve um turno todo no comanda da equipe. Em 19 jogos, foram quatro vitórias, seis empates e nove derrotas, com 14 gols marcados e 20 sofridos. 31,57% de aproveitamento. A Chape não escapou do rebaixamento e terminou na penúltima colocação com 32 pontos.
