Um ano depois de deixar o Grêmio para ir jogar no futebol europeu, Carlos Miguel, campeão da Libertadores e Brasileiro com o Tricolor, voltou a encontrar o time gaúcho, mas dessa vez vestindo a camisa de um time rival: o São Paulo. Com uma equipe que contava com Rogério Ceni, Edmilson, Denilson e França, o duelo de tricolores valeu pelo jogo de ida das oitavas de final da Copa do Brasil de 1998.
No Morumbi, na primeira partida, o Grêmio não teve forças para superar o São Paulo. Logo aos 13 minutos do tempo inicial, Serginho cruzou da esquerda e Carlos Miguel, fazendo valer a lei do ex-jogador, apenas teve o trabalho de tocar na saída de Danrlei, para abrir o placar e marcar pela primeira vez contra o ex-clube. Quinze minutos depois, o ex-atleta do Grêmio iniciou a jogada do segundo gol, que dessa vez foi do atacante França.
O Grêmio teria a oportunidade de tentar reverter a situação no jogo de volta no Olímpico, mas mais uma vez não teve chances contra o Tricolor Paulista. Mais uma derrota por 2 a 0 e eliminação do time que contava com Danrlei, Roger, Scheidt, Luiz Carlos Goiano e Ronaldinho Gaúcho.
Carlos Miguel ficaria no São Paulo até 2001, depois se transferiria para o Inter e mais tarde, em 2003, retornou ao Grêmio em sua segunda passagem. Em 2007, encerrou sua carreira após defender o Corinthians, de Alagoas.