A irmã menor aderiu ao visual da mais velha. Na versão 2017 que chegou há pouco às concessionárias, a Yamaha colocou na R3 a pintura utilizada na R1: o R-White e o Racing Blue. Há ainda a opção do cinza fosco. Os grafismos do tanque também foram modificados. A mudança deixou o preço mais caro em 5%: de R$ 20 mil para R$ 21 mil. Não houve alteração mecânica para a esportiva de 321 cilindradas e dois cilindros.
A potência de 42cv e o torque de 3,02kgf.m a 9.000 rpms foram mantidos no motor que usa 80% de alumínio em sua composição. Nas versões standard e ABS, a R3 possui freios a disco nas duas rodas (298mm na frente e 220mm na traseira).
A fórmula se repetiu na naked MT-03, que utiliza o mesmo motor e alguns outros componentes: novas cores, novo grafismo e novo preço. O modelo passa a custar R$ 19,2 mil – a versão com ABS, disponível apenas na cor prata, aumenta o preço em R$ 2 mil.
Curiosamente, apenas a moto com freios tradicionais é vendida com uma pintura especial nas rodas – são azul , da mesma cor da carenagem. Há ainda a opção da cor preta. A principal diferença comercial entre elas é que a caçula da família MT chega à versão 2018, enquanto a R3 0km é 2017.
