A irmã menor aderiu ao visual da mais velha. Na versão 2017 que chegou há pouco às concessionárias, a Yamaha colocou na R3 a pintura utilizada na R1: o R-White e o Racing Blue. Há ainda a opção do cinza fosco. Os grafismos do tanque também foram modificados. A mudança deixou o preço mais caro em 5%: de R$ 20 mil para R$ 21 mil. Não houve alteração mecânica para a esportiva de 321 cilindradas e dois cilindros.
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