Atuando desde o início da enchente no Rio Grande do Sul, a Polícia Rodoviária Federal também foi atingida. O prédio da superintendência, localizado em Porto Alegre, na Avenida dos Estados, ficou alagado. Até hoje, não há expediente no local.
Em razão disso, a Diretoria de Administração e Logística da corporação alugou salas do Canoas Parque Hotel, localizado às margens da BR-116, em Canoas. A contratação emergencial custou R$ 64,8 mil e terá validade entre 3 de junho e 28 de outubro. O espaço pode ser usado por até 50 pessoas.
O hotel tem servido de QG do novo superintendente no Rio Grande do Sul, inspetor Fabricio Bianchi. Também está ocorrendo o trabalho administrativo da superintendência, das ações relacionadas aos problemas nas rodovias e realização de reuniões diárias do gabinete de crise.
O outro endereço da Polícia Rodoviária Federal em Porto Alegre que foi atingido pela enchente foi a 1ª Delegacia, localizada na caixa d'água na freeway. O andar mais baixo foi alagado e até hoje está sem atividade.
A parte operacional da delegacia, que funciona com acesso direto pela freeway, continua trabalhando normalmente. Durante o período mais crítico das enchentes, foi ponto onde moradores e motoristas buscaram proteção.