Jair Bolsonaro (PSL) vai atuar com militares não apenas no ministério, mas também em algumas das áreas mais sensíveis do segundo escalão governamental. A interlocução do governo federal com as polícias estaduais e a elaboração de planos de ação conjunta caberá ao general Guilherme Cals Theophilo Gaspar de Oliveira, que chefiará a Secretaria Nacional de Segurança Pública, sob comando do futuro ministro da Justiça, Sergio Moro. Oliveira foi colega de Bolsonaro nas Agulhas Negras e concorreu a governador do Ceará, pelo PSDB, partido do qual se desfiliou recentemente.
A Secretaria de Assuntos Estratégicos (SAE) e o Programa de Parceria de Investimentos (PPI), responsável pelas privatizações e concessões na área de infraestrutura, devem ficar com o general Maynard Marques de Santa Rosa. Ele já chefiou o Departamento Pessoal do Exército durante o governo do ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva (PT) e foi exonerado em 2010 pelo então ministro da Defesa, Nelson Jobim, após fazer críticas à Comissão Nacional da Verdade, criada para investigar crimes de violação aos direitos humanos durante o regime militar. Caso se confirme que Santa Rosa chefiará o Programa de Promoção do Investimento (PPI), será um triunfo dos militares em detrimento do deputado Onyx Lorenzoni (DEM-RS), futuro chefe da Casa Civil, pasta que estava cotada para indicar o responsável por esta missão.
Os contratos de publicidade e comunicação institucional do governo devem ser analisados pelo general da reserva Floriano Peixoto Vieira Neto, ex-comandante das tropas brasileiras no Haiti. Ele ficou 40 anos na ativa e tem experiência com manutenção da paz e atuação em desastres naturais. É formado pela Academia das Agulhas Negras, com mestrado em Ciências Militares e doutorado em Política, Estratégia e Alta Administração pela Command and General Staff College (CGSC). Santa Rosa e Vieira Neto serão vinculados à Secretaria-Geral da Presidência da República, a ser comandada por Gustavo Bebianno, político do PSL.
Um quarto militar no segundo escalão governamental deve ser o general Marco Aurélio Costa Vieira, para a Secretaria de Esportes. Paraquedista, como Bolsonaro, ele foi diretor-executivo de Operações da Olimpíada do Rio e diretor-executivo do Revezamento da Tocha Olímpica em 2016. Ele já faz parte da equipe de transição que tem trabalhado no Centro Cultural do Banco do Brasil (CCBB), em Brasília.
Outro local com grande número de integrantes das Forças Armadas é o Gabinete de Segurança Institucional (GSI). Das mais de 200 pessoas que atuam ali, pelo menos 35 são oficiais graduados: generais, coronéis, brigadeiros ou almirantes. Já era assim, e continuará sendo, informa um oficial que lá trabalha.