Não é qualquer área protegida que pode ser jardim botânico. A classificação é um registro concedido pelo Ministério do Meio Ambiente, que leva em conta requisitos previstos em resolução de 2003 do Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama).
Os jardins botânicos são classificados em três categorias: A, B e C, que, da estrutura mais simples à mais completa, atendem entre 11 e 16 exigências (veja no quadro abaixo). Segundo o Ministério do Meio Ambiente, a extinção da Fundação da Zoobotânica fará a estrutura da Capital perder a classificação A, pois entre os pré-requisitos para todas as categorias está "possuir quadro técnico-científico compatível".
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– A extinção da Fundação Zoobotânica do Rio Grande do Sul implicará a perda do registro e enquadramento como jardim botânico. Este fato representaria uma grande perda no esforço que os jardins botânicos brasileiros estão realizando para atender às metas da Convenção da Diversidade Biológica (tratado internacional ratificado pelo Brasil) – afirma Maria Lucia Nova da Costa, integrante da Secretaria do Sistema Nacional de Registro de Jardins Botânicos.
Ou seja, a desclassificação em Porto Alegre representará uma entidade a menos no trabalho oficial de conservação da diversidade biológica do país.
