A investigação do Ministério Público sobre a gestão Piffero detectou depósitos rotineiros de empresários na conta do ex-vice-presidente de futebol, Carlos Pellegrini no período em que ele esteve à frente do cargo, entre o começo de 2015 e a 31 de junho de 2016. Segundo os promotores, o empresário Giuliano Bertolucci, um dos mais importantes do Brasil, desenvolveu uma relação financeira com a gestão iniciada antes mesmo de ela assumir, conforme reportagens publicadas no jornal Correio do Povo.
A quebra de sigilo bancário dos dirigentes apontou duas transferências, em um total de R$ 150 mil, para a conta de empresa da qual o ex-vice de administração Alexandre Limeira é sócio-administrador. Elas foram feitas nos dias 28 de novembro e 12 de dezembro de 2014, véspera da eleição em que Vitorio Piffero voltou ao comando do clube.
Dias depois dessas transferências, o MP rastreou o ingresso de valores nas contas de Piffero, Pellegrini e Limeira.
Nos dois anos da gestão de Piffero, Bertolucci, usando empresas de terceiros ligadas a ele, fez série de depósitos na conta de Pellegrini. O MP apontou seis transferências, entre o fim de junho e o fim de outubro, que alcançaram R$ 70 mil. Há também repasses de empresas ligadas a Bertolucci na conta da filha de Pellegrini, em valores que somados chegam a R$ 14,9 mil . No período todo em que se manteve à frente do futebol, Pellegrini recebeu R$ 333 mil em 67 depósitos em dinheiro. O Ministério Público ressalta em usa investigação que o ex-dirigente apresentou movimentação financeira fora do comum no período da Gestão Piffero. No período de dois meses que antecederam o começo dela, havia apenas um depósito em dinheiro na conta dele, de R$ 1,2 mil.
Pellegrini começou a gestão como diretor de futebol. Com a morte do então vice de futebol Luiz Fernando Costa, em 25 de janeiro, ele assumiu o cargo — ficou seis meses de forma interina e depois um ano como efetivo. Ao todo, foram 18 meses à frente do departamento.
O caso envolvendo o lateral-direito Paulo Cézar Magalhães é um dos apontados pelo MP. Segundo a investigação, cinco dias após ser contratado e receber R$ 150 mil de luvas, fora salários e direitos de imagem, familiares do jogador teriam depositado R$ 30 mil na conta de Pellegrini. O salário do jogador era de R$ 74 mil, além de R$ 41,3 mil por direitos de imagem — o que dava um total mensal de R$ 115,3 mil mensais.