Entre em 1995 e 2007, o Juventude participou da Série A do Campeonato Brasileiro. Neste período, as edições tiveram fórmulas diferentes, com o mata-mata para decidir o campeão, até 2002 e, a partir de 2003, pontos corridos. O Verdão conseguiu as suas melhores participações na elite nacional em 1997, 2002 e 2004. Campanhas que deixaram boas lembranças.
Em 1997, ainda no sistema mata-mata, 26 clubes jogavam entre si em turno único. Os oito melhores colocados se classificavam e o Juventude foi o oitavo colocado com 37 pontos. Foram 25 jogos, nove vitórias, 10 empates e seis derrotas. Aproveitamento de 49%.
Na segunda fase, considerada a semifinal, dois grupos de quatro equipes foram formados. Os times jogaram em ida e volta dentro dos próprios grupos. Apenas o campeão de cada chave estaria classificado para a final. O Ju ficou em terceiro no grupo em que o Vasco foi campeão, o Flamengo ficou em segundo e a Portuguesa em último. A curiosidade é que o Verdão precisou mandar os jogos da fase decisiva no Estádio Olímpico, em Porto Alegre, por exigências da CBF.
Em 2002, a última edição do Brasileirão decidido em mata-mata, foram 26 participantes e o Juventude terminou a primeira fase em quarto lugar na classificação geral. Em 25 partidas, teve 41 pontos somados, 12 vitórias, cinco empates e oito derrotas. A equipe do técnico Ricardo Gomes teve 54% de aproveitamento e chegou a liderar a competição. Nas quartas de final, o Verdão foi eliminado para o Grêmio. Após um 0 a 0 em Porto Alegre, o Tricolor venceu por 1 a 0 em Caxias do Sul. O ex-centroavante Leonardo Manzi foi o artilheiro da equipe com nove gols.
— Foram momentos especiais. Eu morava nas arquibancadas do Jaconi e assistia jogos de Brasileirão e sonhava participar. Em 2002, fizemos uma campanha incrível. Lideramos o campeonato por muitas rodadas, depois chegamos nas quartas de final. Individualmente, eu ganhei a Bola de Prata, prêmio mais cobiçado entre os jogadores — relembrou o goleiro Diego, ex-Juventude, e titular na campanha de 2002.
Já em 2004, a segunda edição do Brasileirão por pontos corridos, a melhor classificação do Juventude neste modelo. O time alviverde terminou em 7º lugar com 70 pontos. Um total de 24 clubes disputaram a competição. Foram 46 jogos, com 20 vitórias, 10 empates e 16 derrotas (51% de aproveitamento). No time, destaque para a dupla Marcelo e Michel, pratas da casa, além dos jovens jogadores que iniciavam sua trajetória no cenário nacional: os zagueiros Naldo e Thiago Silva.
Melhores campanhas
1997 - O Juventude terminou a primeira fase na 8ª colocação com 26 clubes participantes. Na segunda fase, os clubes foram divididos em dois grupos com quatro equipes. o Ju terminou em terceiro atrás de Vasco e Flamengo. Na classificação geral ficou em 8º.
2002 - Com 26 participantes, no sistema mata-mata, o Juventude terminou a primeira fase em quarto lugar na classificação geral. Nas quartas de final, foi eliminado para o Grêmio.
2004 - Foi a segunda edição do Brasileirão por pontos corridos e a melhor classificação do Juventude neste modelo. O time alviverde terminou em 7º lugar com 70 pontos. 24 clubes disputaram a competição.
Classificação geral entre 1995 e 2007
1995 - 10º lugar
1996 - 19º lugar
1997 - 8º lugar
1998 - 18º lugar
1999 - 19º lugar
2000 - 25º lugar
2001 - 22º lugar
2002 - 7º lugar
2003 - 18º lugar
2004 - 7º lugar
2005 - 14º lugar
2006 - 14º lugar
2007 - 18º lugar
