Campeão e destaque no campeonato mundial sub-20 em 2003, Jefferson fez uma contundente afirmação ao programa Resenha, da ESPN Brasil, transmitido na noite da última sexta-feira (15). O ex-goleiro, aposentado recentemente, disse que chegou a ficar de fora de convocações, à época, por ser negro.
— Eu tinha a oportunidade de disputar o Sul-Americano e o Pan-Americano pela (Seleção Brasileira) sub-20, na época peguei o Valinhos (José Claudinei Georgini) como treinador, me ajudou muito. No Mundial, peguei o (Marcos) Paquetá, que também é um cara que sempre gostou do meu futebol. Na convocação para a sub-20, estava praticamente decretado quem seriam os goleiros: eu, Fernando Henrique (Fluminense) e Fabiano (Internacional). Quando saiu a convocação para a sub-20,na época ia ser em janeiro, eu estava certo que meu nome estava lá e, para minha surpresa, quando vi no jornal a convocação, meu nome não estava lá – relatou.
— Fiquei muito chateado, pensei "poxa, o que aconteceu? Um mês atrás estava tudo certo". O pessoal viajou para o Mundial nos Emirados Árabes, mas na época em que eles foram, na fase de treinamentos, estavam tendo guerras (Iraque), ficaram duas semanas lá e cancelou o campeonato, que passou para o final de 2003 — comentou Jefferson, completando:
— Eu estava no banco do Max no Botafogo, na Série B, faltando um mês para a convocação eu nem estava esperando, então recebi uma ligação: "E aí, está preparado para voltar à Seleção? A gente ia te convocar lá atrás, só que a gente foi barrado, porque não poderia convocar goleiro negro. Tinha uma pessoa (dentro da CBF) que falou que não poderia convocar. Essa pessoa saiu e agora podemos fazer o que quisermos fazer — finalizou o goleiro, sem identificar o responsável pelo criminoso ato de racismo.
No Mundial da categoria, comandado por Marcos Paquetá, Jefferson tornou-se titular ao longo da campanha, uma vez que Fernando Henrique foi quem iniciou o torneio entre os 11. A final foi vencida após vitória da Seleção Brasileira diante da Espanha, por 1 a 0, com gol de Fernandinho (então no Athletico e, hoje, no Manchester City).
Jefferson voltou a trabalhar com Paquetá nos meses finais de sua carreira — e de Botafogo. Ao todo, pelo clube carioca, Jefferson entrou em campo 459 vezes, o que o deixa como o terceiro jogador que mais vezes vestiu a camisa do Glorioso — só ficando atrás de Nilton Santos (721 jogos) e Garrincha (612). Anda conquistou três Cariocas e uma Série B do Brasileiro.
Pela Seleção Brasileira principal, Jefferson chegou a ir à Copa do Mundo de 2014 e, em outubro do mesmo ano, defendeu um pênalti de Messi pelo Superclássico das Américas. Deixou de ser convocado ainda na segunda "Era Dunga".
