Marquinhos Gabriel chegou ao Inter ainda com 17 anos, vindo do Juventude. A partir de 2007, começou a ser trabalhado pelas categorias de base do Colorado. Ele era considerado uma das joias a ser lapidadas no clube após a saída de Alexandre Pato para o Milan naquele ano. Até por isso, teve seu contrato renovado com uma multa de US$ 50 milhões.
A partir de 2009, começou a ser utilizado no time profissional e viveu alguns bons momentos com o técnico Tite, mas ficou marcado pela eliminação do Inter B, projeto extinto pelo clube, para o Cruzeiro de Porto Alegre na Taça Piratini de 2011. O meio-campista errou um dos pênaltis que tiraram o Inter da competição estadual. Ali, sua trajetória no clube gaúcho teria fim.
Depois acumulou empréstimos. Primeiro para o Avaí, depois para o Sport, onde pareceu recuperar o melhor futebol, e depois para o Bahia, onde também foi bem e chamou a atenção de outros clubes. Quando acabou seu vínculo com o Inter, o meia-atacante foi para o Palmeiras em 2014, ficou meio ano e foi adquirido pelo Al Nassr, da Arábia Saudita.
Depois de seis meses, retornou ao Brasil e a São Paulo para defender o Santos, por empréstimo. No litoral paulista, se tornou um 12º jogador do time de Dorival Júnior, mas acabou se tornando titular após a lesão de um companheiro. No entanto, antes, teve problemas de adaptação e quase teve seu contrato rescindido.
Ao término da temporada de 2015, com seu contrato com o Santos finalizado, o Al Nasr o vendeu para o Corinthians por 2,6 milhões de euros. No Timão, assim como em outros clubes, viveu momentos de altos e baixos e, em agosto de 2018, foi emprestado mais uma vez. Dessa vez para o Al Nasr, dos Emirados Árabes Unidos.
Retornou ao Brasil para atuar pelo Cruzeiro em 2019, mas não conseguiu salvar o clube mineiro do rebaixamento no Brasileirão do ano passado. Agora, atualmente com 29 anos, defende as cores do Athletico-PR e foi contratado como uma das estrelas da equipe paranaense para a temporada de 2020.
