Natural de Pelotas, o lateral-esquerdo e meio-campista Michel Bastos foi revelado pelo time da Boca do Lovo em 2001, teve passagens pela Europa, mas chegou ao Grêmio em 2004, emprestado pelo Athletico-PR. Com a camisa tricolor, fez 21 partidas e marcou quatro gols na temporada que terminou com o rebaixamento da equipe gaúcha para a Série B do Brasileirão. Ali acabou sua curta trajetória no Tricolor.
Ainda vinculado ao clube paranaense, o lateral foi emprestado ao Figueirense. Em Florianópolis, ao lado do atacante Edmundo, foi um dos principais jogadores de 2005 no futebol catarinense. Suas boas atuações o levaram de volta para a Europa, desta vez para defender o Lille, da França.
Foram três temporadas com a camisa do time francês até ser contratado para o maior clube do país à época: o Lyon, que contava com os brasileiros Cris e Ederson. Foi lá que viveu seu ápice no futebol e foi convocado pela seleção brasileira em 2009. Michel, inclusive, disputou a Copa do Mundo de 2010, na África, como titular na equipe do técnico Dunga.
Depois da experiência em terras francesas e da eliminação na Copa de 2010, Michel pareceu nunca mais recuperar aquele futebol vistoso que o levou à Seleção. Teve passagens por Schalke 04, Al Ain e Roma. Todas sem brilho, o que o trouxe de volta para o Brasil para atuar com a camisa do São Paulo. Pelo Tricolor Paulista chegou a relembrar os bons momentos, mas acabou deixando o clube por estar sem ambiente com a torcida. Seguiu na capital paulista, defendendo o Palmeiras.
Pelo alviverde, também não obteve destaque, sendo emprestado ao Sport na temporada de 2018. No ano passado, assinou com o América-MG, mas atuou apenas uma vez e rescindiu seu contrato com o clube mineiro, declarando sua aposentadoria dos gramados.