João Paulo foi o único jogador pelo qual o Botafogo pagou para comprar os direitos econômicos de olho na temporada 2017. O Santa Cruz recebeu R$3 milhões pelo meio-campista, que foi um dos primeiros contratados e sobre quem havia grande expectativa. Pela dinâmica que dava ao time nos primeiros trabalhos da pré-temporada, a titularidade seria natural.
O problema foi uma lesão, ainda no período no Espírito Santo. A ausência em atividades cruciais antes dos jogos pelas fases anteriores à de grupos da Copa Libertadores fez com que ele perdesse espaço e Jair Ventura modificasse o sistema tático. Pimpão entrou na equipe naquele momento e João só conseguiu retomar a titularidade na segunda partida contra o Olimpia (PAR), na reta final de fevereiro.
Ao longo da temporada, ele alternou entre a função de segundo volante e armador principal. No início do ano, quando viu a concorrência de Camilo e Montillo, optou por atuar mais recuado, mas acabou precisando atuar mais adiante pelas saídas dos mais badalados.
Isso fez com que João Paulo precisasse crescer como jogador. Aos passes com qualidade precisava ser acrescentada a chegada à área, para que colaborasse mais com gols. Assim aconteceu: contra o Nacional, em Montevidéu (URU); contra o Coritiba e contra o Atlético-GO.
Ainda houve o episódio da touca. Em quatro partidas, ele precisou proteger um supercílio, após corte, colocou o objeto e voltou ao gramado. A torcida chegava a pedi-lo quando ele precisava sair do campo. Em três vezes, o time venceu.
