A agricultura depende de muitos processos desenvolvidos por organismos aos quais quase não damos atenção, a menos que nos causem dano. Trata-se do universo dos microrganismos representados por fungos, bactérias, protozoários, algas unicelulares, ácaros e vírus. Geralmente os consideramos prejudiciais, pois muitas doenças e danos às plantas e aos animais, incluindo o homem, são causados por microrganismos (ferrugem asiática, febre aftosa, dengue, malária, para citar alguns). No entanto, é preciso reconhecer que a maioria dos microrganismos são benéficos e absolutamente necessários ao funcionamento da natureza. Podemos, portanto, utilizá-los em nosso proveito, como na produção de iogurte, queijos, pães, cervejas, vinhos, e até mesmo de insulina.