Em episódio marcante da Guerra do Paraguai, o Rio Grande do Sul foi invadido em 1865. Os paraguaios atravessaram o Rio Uruguai e avançaram no território da província do Império do Brasil. Sob o comando do tenente-coronel Antônio Estigarribia, entraram em São Borja, Itaqui e Uruguaiana.

O cônego João Pedro Gay, um francês que era vigário de São Borja, deixou importante relato sobre os fatos. No livro Invasão paraguaia na fronteira brasileira do Uruguai, descreveu como foram aqueles dias na fronteira. Inicialmente, o texto foi publicado no Jornal do Comércio do Rio de Janeiro, em 1867. O Almanaque Gaúcho reproduz parte do relato sobre a entrada em São Borja, a primeira vila invadida.

Em canoas, uma parte do exército paraguaio cruzou o Rio Uruguai em 10 de junho de 1865. O padre escreveu que, sem o oportuno aparecimento do 1º Batalhão de Voluntários da Pátria, antes do meio-dia, o inimigo teria entrado na vila. No combate, morreram homens dos dois lados. 

Moradores fugiram do povoado, levando "quase unicamente a roupa do corpo". O vigário buscou refúgio no interior de São Borja. 

Nos dias seguintes, soldados, carretas e armas continuaram entrando na província. O exército invasor era calculado em 10 mil homens. Em 12 de junho, ocorreu a entrada na vila. Os moradores que ficaram em São Borja, "ansiosos de saber a sorte que os esperava, tremiam de medo ao ver passar essa comitiva que se dirigia à praça da matriz". 

O vigário descreveu um cenário de devastação. Os inimigos destruíram o que não quiseram ou puderam carregar. Eles tiravam "de um barril ou de uma pipa de vinho ou de cachaça tudo o que podiam beber e, depois, a facadas ou a golpes de machado, quebravam o casco".

Durante cinco dias, os paraguaios carregaram em canoas os objetos de um lado para o outro do rio. O material foi levado em carretas para o Paraguai. Os invasores permaneceram uma semana na vila. 

Pelo relatório do padre, na vila e no Passo de São Borja, foram saqueados 15 estabelecimentos públicos, como a igreja, a câmara municipal, o cartório e a mesa de rendas. Os paraguaios invadiram 60 casas particulares e 16 casas de negócios, além de "quatro casas de alfaiates, seis livrarias particulares, uma loja de sapateiro, uma de ourives, três de ferreiros, quatro de carpinteiros, uma botica, três açougues, um bilhar e café, três olarias, etc". Nas fazendas, queimaram casas.

Depois de São Borja, as forças paraguaias seguiram para Itaqui e Uruguaiana. A chegada do Imperador D. Pedro II elevou o moral das tropas. Em 18 de setembro de 1865, o exército paraguaio se rendeu em Uruguaiana.

Com a vitória da aliança formada por Brasil, Argentina e Uruguai, a Guerra do Paraguai terminou em 1870, após a morte do presidente paraguaio, Francisco Solano López.